Fórum de discussão sobre aplicação da sequenciação total do genoma na vigilância laboratorial de doenças infeciosas: continuam abertas as inscrições – INSA

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22-09-2017

Continuam abertas as inscrições para o “Fórum de Discussão: Virar de página na vigilância laboratorial de doenças infeciosas – Aplicação da sequenciação total do genoma (WGS)”, que decorre, dia 28 de setembro, em Lisboa, no auditório do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge. A inscrição no evento é gratuita mas sujeita a registo prévio e limitada à capacidade da sala.

Este fórum pretende dar uma visão global sobre a temática e apresentar o funcionamento de uma plataforma bioinformática, desenvolvida no âmbito do projeto INNUENDO. O encontro visa ainda suscitar a discussão em torno da necessidade premente de concretizar esta transição tecnológica para a vigilância epidemiológica das doenças infeciosas em Portugal, potenciando uma coordenação ativa de esforços no contexto de “Uma só Saúde” entre todas as entidades-chave na promoção da saúde humana, saúde animal e da segurança alimentar.

Os interessados em participar no “Fórum de Discussão: Virar de página na vigilância laboratorial de doenças infeciosas – Aplicação da sequenciação total do genoma (WGS)”, que será transmitido por videoconferência no Centro de Saúde Pública Doutor Gonçalves Ferreira (Porto), devem efetuar a sua inscrição através do preenchimento do seguinte formulário. Para mais informações, consultar o programa do evento, que é organizado pelo Departamento de Doenças Infeciosas do Instituto Ricardo Jorge.

Cofinanciado pela European Food Safety Authority, o projeto INNUENDO (a cross-sectorial platform for the integration of genomics in surveillance of food-borne pathogens) visa criar um quadro intersectorial de integração da tecnologia de WGS na vigilância e investigação epidemiológica dos patogénicos bacterianos alimentares. Este objetivo está alinhado com a missão da EFSA de promover o desenvolvimento e validação de novas abordagens na caracterização microbiana, através de uma coordenação ativa de esforços entre todas as partes interessadas de saúde pública e de segurança alimentar, no contexto de “Uma só Saúde”.

Fórum de Discussão: Virar de página na vigilância laboratorial de doenças infeciosas – Aplicação da sequenciação total do genoma (WGS) – INSA

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08-09-2017

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, através do seu Departamento de Doenças Infeciosas, promove, dia 28 de setembro, no seu auditório em Lisboa, um fórum de discussão sobre a aplicação da sequenciação total do genoma (Whole Genome Sequencing – WGS) na vigilância laboratorial de doenças infeciosas. A inscrição no evento é gratuita mas sujeita a registo prévio e limitada à capacidade da sala.

Este fórum pretende dar uma visão global sobre a temática e apresentar o funcionamento de uma plataforma bioinformática, desenvolvida no âmbito do projeto INNUENDO, que permite, de uma forma simples, padronizada e integrada, todo o processo analítico associado à aplicação da WGS para vigilância e investigação epidemiológica de agentes infeciosos.

O encontro tem ainda como objetivos suscitar a discussão em torno da necessidade premente de concretizar esta transição tecnológica para a vigilância epidemiológica das doenças infeciosas em Portugal, potenciando uma coordenação ativa de esforços no contexto de “Uma só Saúde” entre todas as entidades-chave na promoção da saúde humana, saúde animal e da segurança alimentar.

Os interessados em participar no “Fórum de Discussão: Virar de página na vigilância laboratorial de doenças infeciosas – Aplicação da sequenciação total do genoma (WGS)” devem efetuar a sua inscrição através do preenchimento do seguinte formulário. Para mais informações, consultar o programa do evento.

Cofinanciado pela European Food Safety Authority, o projeto INNUENDO (a cross-sectorial platform for the integration of genomics in surveillance of food-borne pathogens) visa criar um quadro intersectorial de integração da tecnologia de WGS na vigilância e investigação epidemiológica dos patogénicos bacterianos alimentares. Este objetivo está alinhado com a missão da EFSA de promover o desenvolvimento e validação de novas abordagens na caracterização microbiana, através de uma coordenação ativa de esforços entre todas as partes interessadas de saúde pública e de segurança alimentar, no contexto de “Uma só Saúde”.

O projeto INNUENDO, que teve início em 2016, inclui organizações governamentais e institutos de investigação dos setores da saúde humana, alimentar e animal, da Finlândia, Áustria, Portugal, Comunidade Autónoma do País Basco, Estónia e Letónia. Entre outras atividades, o Instituto Ricardo Jorge é a instituição responsável pelas atividades laboratoriais de WGS.

Os surtos de agentes patogénicos veiculados pelos alimentos constituem uma ameaça à saúde pública a nível local e internacional. Assim, torna-se necessário implementar e validar estratégias que assegurem uma eficiente vigilância epidemiológica desses agentes infeciosos através da sua inequívoca deteção e posterior discriminação e classificação, sendo esperado que técnicas baseadas em WGS se tornem, num futuro muito próximo, as técnicas-padrão para a vigilância laboratorial em larga escala.

Bolsa de Investigação INSA: Projeto “INNUENDO – a cross-sectorial platform for the integration of genomics in surveillance of food-borne pathogens”

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (Instituto Ricardo Jorge), Departamento de Doenças Infeciosas, abre Concurso para a atribuição de uma Bolsa de Investigação Científica – 1 vaga – a candidatos (M/F), no âmbito do Projeto “INNUENDO – a cross-sectorial platform for the integration of genomics in surveillance of food-borne pathogens” (Ref. INSA/2016DDI1258), financiado pela European Food Safety Authority.

BOLSA DE INVESTIGAÇÃO “INNUENDO – A CROSS-SECTORIAL PLATFORM FOR THE INTEGRATION OF GENOMICS IN SURVEILLANCE OF FOOD-BORNE PATHOGENS”
Data Limite : 16-03-2016

Anúncio para atribuição de uma Bolsa de Investigação
no âmbito do Projeto INNUENDO –
a cross-sectorial platform for the integration of genomics in surveillance of food-borne pathogens
Refª: INSA/2016DDI1258

Aviso de Abertura

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (Instituto Ricardo Jorge), Departamento de Doenças Infeciosas, abre Concurso para a atribuição de uma Bolsa de Investigação Cientifica – 1 vaga – a candidatos (M/F), no âmbito do Projeto “INNUENDO – a cross-sectorial platform for the integration of genomics in surveillance of food-borne pathogens” (Ref. INSA/2016DDI1258), financiado pelaEuropean Food Safety Authority.

Candidatura: 03-03-2016 a 16-03-2016

As condições de Abertura da Bolsa são as seguintes:

Área Científica Genérica: Ciências Biológicas

Área Científica Específica: Microbiologia

Requisitos de Admissão: Serão consideradas as candidaturas que reúnam os seguintes requisitos:

  • Licenciatura em Genética, Bioquímica, Biologia ou áreas afins e Mestrado em Genética, Bioquímica, Biologia ou áreas afins com média final de Mestrado superior ou igual a 18 valores (obrigatório);
  • No caso de se tratar de Mestrado Integrado, a nota final deverá ser igual ou superior a 17 valores (obrigatório);

Requisitos Preferenciais:

  • Experiência prévia, pelo menos 1 ano, em agentes bacterianos entéricos, nomeadamente técnicas de microbiologia clássica, que incluam cultura e teste de suscetibilidade a antibióticos pelos métodos de difusão em disco, gradiente de difusão e diluição em agar;
  • Experiência comprovada em biologia molecular, incluindo extração de ácidos nucleicos pela tecnologia de sílica magnética, quantificação de ácidos nucleicos por fluorescência, PCR convencional e PCR em Tempo-Real (com sondas FRET e TaqMan), e na utilização de software de bioinformática;
  • Um mínimo de 1 publicação científica e um mínimo de 2 participações em congressos com apresentação de trabalho;
  • Excelentes conhecimentos da língua Inglesa (escritos e orais);
  • Boa capacidade de trabalho, organização e de interação com outros investigadores;
  • Experiência em investigação, pelo menos 1 ano (obrigatório).

Plano de trabalhos: Os surtos multinacionais de agentes patogénicos veiculados pelos alimentos constituem uma ameaça à saúde pública a nível europeu. Assim, torna-se necessário implementar e validar novas tecnologias na caracterização microbiana, apresentando-se a sequenciação de nova geração (NGS) como uma tecnologia bastante promissora. Com o intuito de criar um quadro intersectorial de integração de NGS bacteriana em vigilância de rotina e investigação epidemiológica dos patogénicos bacterianos alimentares foi criado um consórcio multinacional europeu, sendo o Instituto Ricardo Jorge e a Universidade de Lisboa os representantes nacionais. O objetivo deste projeto está alinhado com a missão da EFSA para promover o desenvolvimento e validação de novas abordagens na caracterização microbiana, com uma coordenação ativa de esforços entre todas as partes interessadas de saúde pública e de segurança alimentar. O Instituto Ricardo Jorge será o responsável pela seleção de estirpes e sua caracterização genotípica por NGS. Cabe ao bolseiro efetuar as seguintes tarefas: 1) seleção das estirpes microbianas de Salmonella spp (n=200), Campylobacter spp (n=300), E. coli VTEC (n=100) e Yersinia enterocolítica (n=100); 2) cultura microbiana; 3) extração de ácidos nucleicos; 4) quantificação e controlo de qualidade dos ácidos nucleicos; 5) preparação e normalização de bibliotecas genómicas; 6) NGS; 7) análise da qualidade das raw reads e trimming/clipping das sequências.

Legislação e regulamentação aplicável: Estatuto do Bolseiro de Investigação, aprovado pela Lei Nº. 40/2004, de 18 de Agosto, na redação dada pela Lei n.º 12/2013, de 29 de janeiro. O Regulamento de Bolsas Ricardo Jorge, publicado no Diário da República – II Série, aviso n.º 7344/2005 (2ª série), de 17 de agosto de 2005, e ainda, supletivamente, o Regulamento de Bolsas de Investigação da Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. (aprovado pelo Regulamento n.º 234/2012, de 25 de junho, publicado no Diário da República, 2.ª série, n.º 12, devidamente atualizado). A DGRH-Bolsas assume as competências do Núcleo do Bolseiro, cujas regras básicas de funcionamento, são entre outras: a responsabilidade de prestar aos bolseiros toda a informação relativa ao seu Estatuto, servir de elo de ligação entre os bolseiros e a Instituição acolhendo e tratando os processos dos bolseiros. A DGRH-Bolsas funciona, nos dias úteis, no horário de atendimento ao público regulamentado, nesta Instituição. Os Bolseiros devem ainda respeitar e sem prejuízo de outra legislação em vigor, as regras de funcionamento interno da Instituição.

Local de trabalho: O trabalho será desenvolvido no Laboratório Nacional de Referência de Infeções Gastrintestinais e Núcleo de Bioinformática, do Departamento de Doenças Infeciosas, e Unidade de Tecnologia e Inovação do Departamento de Genética Humana, do Instituto Ricardo Jorge, Av. Padre Cruz, Lisboa.

Orientação Científica: O trabalho será efetuado sob a orientação cientifica da Doutora Mónica Oleastro e do Doutor João Paulo Gomes do Departamento de Doenças Infeciosas, e do Doutor Luís Vieira do Departamento de Genética Humana, do Instituto Ricardo Jorge.

Duração da bolsa: A bolsa terá à duração de 12 meses, com início previsto para maio de 2016, sem renovação.

Valor do subsídio de manutenção mensal: O montante da bolsa corresponde a € 980, conforme tabela de valores das bolsasatribuídas diretamente pela FCT, I.P. no País e seguro de Acidentes Pessoais ou equivalente.

Métodos de seleção: O método de seleção a utilizar será o da avaliação curricular com valoração de 0 a 20.

Composição do Júri de Seleção: O Júri é constituído pela Doutora Mónica Oleastro, investigadora auxiliar do Instituto Ricardo Jorge (Presidente do Júri), pelo Doutor João Paulo Gomes, investigador auxiliar, e pelo Doutor Vítor Borges, técnico superior, do mesmo departamento (vogais efetivos).

Prazo e forma de apresentação das candidaturas: As candidaturas devem ser formalizadas obrigatoriamente com indicação da referência do anúncio e ser acompanhadas dos seguintes documentos: Curriculum Vitae, certificado de habilitações, carta de motivação, e nome e contacto de pelo menos uma pessoa que possa servir de referência. A candidatura deverá ser enviada preferencialmente por correio eletrónico, para o seguinte endereço:

Mónica Oleastro
Investigador Auxiliar,
Laboratório Nacional de Referência das Infeções Gastrintestinais
Departamento de Doenças Infeciosas
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge
Av. Padre Cruz, 1649-016 – Lisboa
monica.oleastro@insa.min-saude.pt

Forma de publicitação/notificação dos resultados: O resultado do processo de seleção será divulgado, através deste site, sendo o candidato(a) selecionado(a) notificado através de e-mail.

Comunicação dos resultados aos candidatos e outras informações: Os resultados do concurso serão comunicados aos candidatos através de correio eletrónico, com recibo de entrega. Após o envio do resultado da candidatura, considerar-se-á automaticamente notificado para consultar o processo se assim o desejar e pronunciar-se em sede de audiência prévia no prazo máximo de 10 dias úteis. O candidato selecionado deve declarar, por escrito, a sua aceitação e comunicar a data de início efetivo da bolsa. Salvo apresentação de justificação atendível, a falta de declaração dentro do prazo requerido (10 dias) equivale à renúncia da bolsa. Em caso de impedimento de aceitação da bolsa pelo primeiro candidato selecionado, a opção será o segundo qualificado de acordo com a lista ordenada pelo Júri do concurso, a constar em Ata. A lista final de classificação será afixada em local visível, na Ala da Direção de Recursos Humanos, piso 2, deste Instituto.

Boletim Epidemiológico Observações, Número Especial 6, Doenças Infeciosas 2015 – INSA

BOLETIM EPIDEMIOLÓGICO OBSERVAÇÕES – ESPECIAL DOENÇAS INFECIOSAS 2015 

Edição de novo número especial dedicado às doenças infeciosas do Boletim Epidemiológico Observações, já disponível para consulta.

Observações é uma publicação científica trimestral, editada pelo Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, que visa contribuir para o conhecimento da saúde da população, os fatores que a influenciam, a decisão e a intervenção em Saúde Pública, assim como a avaliação do seu impacte na população portuguesa

Consulte aqui o Boletim.

NESTE NÚMERO:

  • Editorial
    • Sequenciação de Nova Geração: tecnologia de ponta no INSA para apoio à identificação e caracterização de surtos, situações de emergência e à decisão clínica
  • Sequenciação de Nova Geração
    • Sequenciação de Nova Geração no apoio à decisão de transplante pulmonar num doente com fibrose quística
    • Burkholderia pseudomallei: primeiro caso de melioidose em Portugal
    • Sequenciação Total do Genoma aplicada ao estudo de caracterização de uma estirpe de Klebsiella pneumoniae isolada de pus de drenagem de abcesso hepático
    • Isolamento de Helicobacter pullorum de carne de frango: características de um patogénio emergente de origem alimentar
  • Doenças Evitáveis por Vacinação
    • Tosse convulsa em Portugal: análise retrospetiva de casos clínicos suspeitos de infeção por Bordetella pertussis no período 2010-2014
    • Diagnóstico laboratorial do sarampo em Portugal, 2011- 2013
    • Rubéola congénita em Portugal entre 2009 e 2015
    • Apresentação clínica dos casos de síndroma gripal em Portugal: gripe e outros vírus respiratórios
    • Vacinação antigripal da população portuguesa na época 2014/2015: estudo na amostra ECOS
    • Efetividade da vacina antigripal entre 2009 e 2015 em Portugal
    • Aplicação de um teste preliminar a um folheto informativo sobre o estudo da efetividade da vacina antigripal contra formas graves de gripe
BOLETIM EPIDEMIOLÓGICO OBSERVACÕES

Volume 4 (2015) – Número Especial 6, Doenças Infeciosas
ISSN: 0874-2928 | ISSN: 2182-8873 (em linha)

© Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, IP

Observações é uma publicação científica trimestral, que visa contribuir para o conhecimento da saúde da população, os fatores que a influenciam, a decisão e a intervenção em Saúde Pública, assim como a avaliação do seu impacte na população portuguesa.

Através do acesso público e gratuito a resultados científicos gerados por atividades de observação em saúde, monitorização e vigilância epidemiológica, é dada especial atenção à disseminação rápida de informação relevante para a resposta a temas de relevo para a saúde da população portuguesa, tendo como principal alvo todos os profissionais, investigadores e decisores intervenientes na área da Saúde Pública em Portugal.

Este Boletim enquadra-se na missão oficial do INSA, IP enquanto observatório nacional de saúde, a par das atividades como laboratório estratégico nacional, laboratório de Estado no sector da saúde e laboratório nacional de referência. Transversal aos Departamentos técnico-científicos do INSA, IP, o Boletim reúne textos sucintos sobretudo nos domínios de ação atribuídos por lei ao INSA, IP: Alimentação e Nutrição, Doenças Infeciosas, Genética Humana, Saúde Ambiental, Promoção da Saúde e Prevenção de Doenças Não Transmissíveis, Epidemiologia, Investigação em Serviços e Políticas de Saúde.

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Vol 4 (2015) – Nº Especial 6  DOENÇAS INFECIOSAS

[PDF-boletim integral]                                                                    

                                                                                                                                          Números anteriores

SUMÁRIO

_EDITORIAL

Sequenciação de Nova Geração: tecnologia de ponta no INSA para apoio à identificação e caracterização de surtos, situações de emergência e à decisão clínica
João Paulo Gomes
Responsável da Unidade de Investigação e do Núcleo de Bioinformática
Departamento de Doenças Infeciosas, INSA

    [PDF]

 

 _ARTIGOS BREVES
Sequenciação de Nova Geração
1_ Sequenciação de Nova Geração no apoio à decisão de transplante pulmonar num doente com
fibrose quística      
Leonor Silveira, Ana Casimiro, Margarida Pinto, Vítor Borges, João Paulo Gomes, Mónica Oleastro
    [PDF]
2_

 

Burkholderia pseudomallei: primeiro caso de melioidose em Portugal
Ana Pelerito, Alexandra Nunes, Susana Coelho, Cátia Piedade, Paulo Paixão, Rita Cordeiro,
Daniel Sampaio, Luís Vieira, João Paulo Gomes, Sofia Núncio
    [PDF]
3_

 

Sequenciação Total do Genoma aplicada ao estudo de caracterização de uma estirpe de
Klebsiella pneumoniae isolada de pus de drenagem de abcesso hepático

Maria João Simões, Aida Pereira, João Carlos Rodrigues, Tiago Pertucci, Inês Maury,
Frederico E. Santo, Vítor Borges, João Paulo Gomes
    [PDF]
 
4_

 

Isolamento de Helicobacter pullorum de carne de frango: características de um patogénio emergente
de origem alimentar
Vítor Borges, Andrea Santos, Cristina Belo Correia, Margarida Saraiva, Luís Vieira,
Daniel A. Sampaio, João Paulo Gomes, Mónica Oleastro
    [PDF]
Doenças Evitáveis por Vacinação
5_ Tosse convulsa em Portugal: análise retrospetiva de casos clínicos suspeitos de infeção
por Bordetella pertussis no período 2010-2014
Maria Augusta Santos, Brigida Pereira, Cristina Furtado
    [PDF]
6_ Diagnóstico laboratorial do sarampo em Portugal, 2011- 2013
Paula Palminha, Elsa Vinagre, Rita Cordeiro, Carlos Ribeiro, Carla Roque
    [PDF]
7_ Rubéola congénita em Portugal entre 2009 e 2015
Paula Palminha, Elsa Vinagre, Carlos Ribeiro, Teresa Lourenço, Carla Roque
    [PDF]
8_

 

Apresentação clínica dos casos de síndroma gripal em Portugal: gripe e outros vírus respiratórios
Ana Paula Rodrigues, Ausenda Machado, Baltazar Nunes, Pedro Pechirra, Raquel Guiomar
    [PDF]
9_ Vacinação antigripal da população portuguesa na época 2014/2015: estudo na amostra ECOS
Mafalda Sousa Uva, Rita Roquette, Baltazar Nunes, Carlos Matias Dias  
    [PDF]
10_ Efetividade da vacina antigripal entre 2009 e 2015 em Portugal
Patrícia Conde, Ausenda Machado, Pedro Pechirra, Ana Paula Rodrigues, Paula Cristóvão,
Inês Costa, Raquel Guiomar, Baltazar Nunes
    [PDF]
11_

 

Aplicação de um teste preliminar a um folheto informativo sobre o estudo da efetividade
da vacina antigripal contra formas graves de gripe
Maria Moitinho de Almeida, Ana João Santos, Ausenda Machado
    [PDF]

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Ficha técnica

DIRETOR: Fernando de Almeida, Presidente do Conselho Diretivo do Instituto Ricardo Jorge
EDITORES: Carlos Matias Dias, Departamento de Epidemiologia | Elvira Silvestre, Biblioteca da Saúde
CONSELHO EDITORIAL CIENTÍFICO: Carlos Matias Dias, Departamento de Epidemiologia | Luciana Costa, Departamento de Promoção da Saúde e Prevenção de Doenças Não Transmissíveis | Manuela Cano, Departamento de Saúde Ambiental | Jorge Machado, Departamento de Doenças Infeciosas |Manuela Caniça, Conselho Científico do Instituto Ricardo Jorge | Peter Jordan, Departamento de Genética Humana | Sílvia Viegas, Departamento de Alimentação e Nutrição.

 

Veja também as outras publicações:

Tag Boletim Epidemiológico Observações

Boletim Epidemiológico Observações, Trimestre Outubro – Dezembro de 2015 – INSA

Boletim Epidemiológico Observações, Trimestre Julho – Setembro de 2015 – INSA

Boletim Epidemiológico Observações – Trimestre Abril-Junho de 2015 – INSA

Veja o n.º 11 do Boletim Epidemiológico “Observações” – INSA

Número Especial Dedicado à Saúde Ambiental – Boletim Epidemiológico Observações – INSA

Boletim Epidemiológico Observações Nº 10 – INSA

Boletim Epidemiológico Observações – Nº 9 Julho-Setembro 2014 – INSA

Conferência “A Genética Humana das Doenças Infeciosas” – INSA e Institut Français du Portugal

« O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge e o Institut Français du Portugal apresentam uma conferência subordinada ao tema “A Genética Humana das Doenças Infeciosas”, evento que irá ocorrer no dia 20 de fevereiro, às 11horas, no Institut Français du Portugal. O Professor Laurent Abel, reputado especialista do Institut Imagine – Paris, é o palestrante convidado.

Os agentes infeciosos microbianos (bactérias, vírus, fungos ou outros parasitas) são necessários mas não suficientes para o desenvolvimento de uma doença infeciosa. De facto, é bem sabido que algumas pessoas (em particular as crianças) desenvolvem formas graves de doenças infeciosas, na sequência de uma infeção, enquanto outras, expostas ao mesmo microrganismo, se mantêm assintomáticas.

A identificação e a caraterização de “brechas” nas defesas imunitárias dos indivíduos suscetíveis, que expliquem essas diferenças de resposta à exposição a agentes patogénicos, terão profundas implicações na prática clínica e no conhecimento da biologia da imunidade. Algumas dessas “brechas” têm base genética: são, por um lado, erros inatos da imunidade (monogénicos) indutores de vulnerabilidades nas crianças e, por outro, mecanismos hereditários complexos (poligénicos) que atuam sobretudo nos adultos.

Dos resultados da investigação em genética humana das doenças infeciosas, combinando a epidemiologia genética e a biologia molecular, são de esperar importantes avanços no aconselhamento genético das famílias afetadas e o desenvolvimento de novos tratamentos visando restaurar uma resposta imunitária deficiente. A participação nesta Conferência é gratuita, sendo necessária inscrição prévia através do seguinte endereço de correio eletrónico:info@insa.min-saude.pt. »

Veja aqui o cartaz da Conferência